Высшим органом управления МАСС является Совет ассоциации, в состав которого входят главы правительств республик, главы администраций краев, областей, автономных округов и председатели законодательных органов власти 19 территорий. Сейчас, в результате объединения регионов, в МАСС входит 15 субъектов Российской Федерации. Члены Совета избирают председателя, срок полномочий которого составляет один год.
Председатель Совета организует работу Совета, председательствует на заседаниях, без доверенности представляет ассоциацию в отношениях с федеральными органами государственной власти, органами государственной власти субъектов Федерации, органами местного самоуправления, юридическими и физическими лицами, от имени ассоциации подписывает решения, протоколы, соглашения, финансовые и иные документы.
За период существования ассоциации председателями Совета избирались:
Совет собирается не реже 2-3 раз в год, посвящая свои заседания рассмотрению проблем, наиболее актуальных для Сибирского региона.
В работе Совета принимают участие Президент Российской Федерации, представители Аппарата Президента Российской Федерации, Правительства Российской Федерации, руководители правительственных комитетов, ведомств и другие.
Заседания Совета проходят в деловой, конструктивной обстановке, решения принимаются с учетом интересов каждого, при полном консенсусе. Исключено всякое противостояние в любых формах законодательной и исполнительной властей.